قرآن و عرفان و برهان از هم جدائى ندارند
مفاد این سخن نه این است که نظر عقلى باطل و کسب علوم عقلى ناصواب و برهان ناتمام است ؛ چه اینکه خود قرآن کریم ، که مهمترین منطق وحى است ، فهم حقایقش را گاهى اضافه به دانشمندان فرمود، و گاهى به خردمندان ، و گاهى به اندیشمندان ، و گاهى به صاحبدلان و نظایر آنان و فرمود: ویرى الذین اوتوا العلم الذى انزل الیک من ربک هو الحق . و فرمود: انا انزلناه قرآنا عربیا لعلکم تعقلون .  و فرمود: کذلک نفصل الایات لقوم یتفکرون . و فرمود: افلا یتدبرون القرآن ام على قلوب اققالها .  و آیات بسیار دیگر از قبیل هر یک اینها.
غرض اینکه هر کس حظ او در علوم اوفر و بهره وى از آنها بیشتر است ، نصیب او از قرآن بیشتر است ؛ که کتاب عقل و علم و فکر است ؛ و حاشا که قرآن و عرفان و برهان از هم جدایى داشته باشند.

صدرالمتالهین ، در آغاز فصل دوم باب ششم نفس اسفار  که پس از اقامه براهین بر تجرد نفس ناطقه در فصل قبل آن ، این فصل را در نقل ادله سمعییه از آیات و روایات عنوان کرده است فرموده است : چون در این مطلب ، که اثبات تجرد نفس ناطقه انسانى است ، چند برهان عقلى در فصل سابق آورده ایم ، در این فصل چند دلیل سمعى از آیات و روایات ذکر کنیم تا دانسته شود که عقل و شرع در این مسئله تجرد نفس ، مانند دیگر مسائل حکمیه ، با هم متطابق اند و از هم جدایى ندارند؛ و حاشا که شریعت حقه الهیه ، که خورشید درخشان است ، احکام آن مصادم معارف یقینیه ضروریه باشند. و هلاک بر آن فلسفه اى که قوانین آن مطابق کتاب و سنت نیست !
صاحب فتوحات مکیه ، در آخر باب دوازدهم آن در بیان کریمه و ان من شیى الا یسسبح بحمده .  مى فرماید: و نحن زدنا مع الایمان بالاخبار الکشف .  و صاحب اسفار، در فصل شانزدهم موقف هشتم الهیات آن در بیان آن مى فرماید:
و نحن بحمدالله عرفنا ذلک بالبرهان و الایمان جمیعا .
و نیز آخرین فصل الهیات اسفار در توفیق بین شریعت و حکمت ، در دوام فیض - بارى تعالى - و حدوث عالم ، عنوان شده است و چنین آمده است : شریعت و حکمت در دوام فیض بارى ، که امساک فیض از فیاض على الاطلاق مطلقا محال است ، و در اینکه عالم حادث به حدوث زمانى است موافق هم اند؛ و بارها اشاره نموده ایم که حکمت مخالف با شرایع حقه الهیه نیست ، بلکه مقصود از هر دو یک چیز است که معرفت حق - تعالى - و صفات و افعال اوست . و این معرفت حاصل به طریق وحى و رسالت موسوم به نبوت است ، و بطریق سلوک و کسب مسماى به حکمت یا ولایت است . و آن کسى قایل به مخالفت حکمت با شرایع حقه الهیه در معنى و مقصود است که معرفت به تطبیق خطابات شرعیه بر براهین حکمیه ندارد؛ و قادر بر این تطبیق نیست مگر کسى که موید من عندالله و کامل در علوم حکمیه و مطلع بر اسرار نبویه است .
و چنانکه خود آن جناب فرموده اند، در چندین جاى دیگر اسفاره متعرض ‍ همین مطلب شده است ، و ما بتفصیل در کتاب عرفان و حکمت متعالیه نقل و بحث نموده ایم . غرض اینکه قلم در طرد معرفت فکرى زدن و خط بطلان به منشورات براهین عقلى کشیدن ، و دین الهى و فلسفه الهى را جداى از هم داشتن و پنداشتن ستمى بس بزرگ است ؛ و در عین حال ، تمیزبین دونحو ارتزاق لاکلوا من فوقهم و من تحت ارجلهم .  را ندادن سخنى سخت سست است . هیچ گاه بشر نمى تواند از منطق و برهان بى نیاز باشد چنانکه از وحى و رسالت و بالاخره اگر عارف بخواهد فرضا یکى از مطالب فلسفى را رد کند، باید با دلیل رد کند و دلیل خود فلسفه است . اولیاى دین ما علیهم السلام در مقام احتجاج و استدلال ، به طریق فکر و نظر اقدام مى فرمودند؛ چنانکه احتجاج شیخ اجل طبرسى قدس سره و نیز احتجاج بحار در این مطلب سند زنده اند. بلکه خود قرآن مجید حجتى گویا در این موضوع است ، کما لا یخفى على اهله . مبناى پیشرفت عقل و هشدارى بشر به احتجاج و استدلال است که به سه قسم برهان و خطابه و جدال احسن تقسیم مى شود، چنانکه قرآن کریم بدانها ناطق است که ادع الى سبیل ربک بالحکمه و الموعظه الحسنه و جادلهم بالتى هى احسن ...